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《报告》也显示，仁爱礁礁区的大型底栖无脊椎动物种群结构出现失衡，非法“坐滩”军舰周边尤为严重。在礁区布设的所有13个生态站位均少见珊瑚礁生态系统中广泛分布的甲壳类、双壳类、腹足类等经济型生物，仅在距离非法“坐滩”军舰较远的RA13站位发现有甲壳类生物。从距离非法“坐滩”军舰较近的RA05、RA06站位分析看，上述经济型生物的栖息密度较其他站位要低。
自然资源部南海生态中心主任李团结介绍说，25年来，非法“坐滩”军舰长期有人看守，菲船舶、飞机定期为其补给物资。同时，舰上人员焚烧和弃置生产生活垃圾、排放污水；菲渔船和舰上人员频繁在仁爱礁海域开展渔业活动；菲非法运送建筑材料，不断对非法“坐滩”军舰进行加固、给船体涂刷油漆；2017年以后，菲在非法“坐滩”军舰甲板上不断搭建临时设施，约90%的甲板已被覆盖。目前，非法“坐滩”军舰船体已经破败不堪、锈迹斑斑，多处出现破损。
《报告》显示，仁爱礁潟湖坡处的造礁石珊瑚种类数和覆盖率明显低于向海坡一侧。比较相关调查站位数据，发现仁爱礁潟湖坡造礁石珊瑚覆盖率约为向海坡的28%。以距离较近的潟湖坡RA09和向海坡RA04站位为例，RA09站位存在大量死亡的造礁石珊瑚。RA09站位造礁石珊瑚种类数约为RA04站位的60%，造礁石珊瑚覆盖率仅为RA04站位的20%左右。
