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《报告》也显示，仁爱礁礁区的大型底栖无脊椎动物种群结构出现失衡，非法“坐滩”军舰周边尤为严重。在礁区布设的所有13个生态站位均少见珊瑚礁生态系统中广泛分布的甲壳类、双壳类、腹足类等经济型生物，仅在距离非法“坐滩”军舰较远的RA13站位发现有甲壳类生物。从距离非法“坐滩”军舰较近的RA05、RA06站位分析看，上述经济型生物的栖息密度较其他站位要低。
监督结果。行政机关收到检察机关提请抗诉通知书后，组织了专家研讨，经研究认可检察机关监督意见，拟自行纠正行政行为，希望检察机关促进化解。为减轻诉累，及时回应企业关切，检察机关组织召开座谈会，搭建行政和解平台。促成印刷公司、徐某与行政机关达成和解。原行政处罚决定不再执行，行政机关向法院撤回强制执行申请，法院裁定终结本案执行，并解除失信、限高等强制执行措施。印刷公司、徐某向检察机关撤回监督申请。检察机关审查认为，双方行政争议已实质性化解，且不损害国家利益、社会公共利益以及其他人合法权益，决定终结审查。
调查发现，仁爱礁礁坪和潟湖坡区域造礁石珊瑚覆盖面积大幅下降，非法“坐滩”军舰周边降幅尤为明显；非法“坐滩”军舰附近存在大量珊瑚礁碎块和死亡的珊瑚；潟湖坡处的造礁石珊瑚种类数和覆盖率明显低于向海坡一侧；礁区大型底栖无脊椎动物种群结构出现失衡，非法“坐滩”军舰周边尤为严重；仁爱礁礁区海水中重金属、活性磷酸盐（以磷计）和油类含量明显高于历史记录；仁爱礁礁区散布有渔网等各类人为弃置物。
史某系某市沿海渔民，向某市农业农村局申请渔船更新改造补助资金。2022年10月，某市农业农村局向史某作出《答复》,认为史某的渔船船网工具控制指标系拆解合并小型渔船指标的方式形成，按照规定不符合更新改造补助条件，决定不予发放补助。同年11月，史某向某法院提起行政诉讼。某法院认为，案涉渔船已依法办妥船网工具指标审批手续，应视为案涉渔船已获准更新改造，史某对领取更新改造补助资金产生合理信赖，某市农业农村局认定案涉渔船不符合更新改造补助资金发放条件，决定不予发放补助，存在明显不当，遂判决撤销某市农业农村局《答复》，责令其重新作出行政行为。某市农业农村局上诉，某省高级法院于2023年8月5日判决驳回上诉。该案判决生效后，某市农业农村局迟迟未能履行判决，史某申请法院强制执行未果后，向某市检察院申请监督。