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《报告》也显示，仁爱礁礁区的大型底栖无脊椎动物种群结构出现失衡，非法“坐滩”军舰周边尤为严重。在礁区布设的所有13个生态站位均少见珊瑚礁生态系统中广泛分布的甲壳类、双壳类、腹足类等经济型生物，仅在距离非法“坐滩”军舰较远的RA13站位发现有甲壳类生物。从距离非法“坐滩”军舰较近的RA05、RA06站位分析看，上述经济型生物的栖息密度较其他站位要低。
《报告》显示，所有18个调查站位的海水样品均检出重金属汞、铜、锌和活性磷酸盐，平均含量分别为0.016微克/升、0.49微克/升、1.31微克/升、5.9微克/升（以磷计）；9个站位的表层海水样品检出了油类，最高达58.0微克/升，18个站位的平均含量为8.9微克/升。以上检测结果显著高于军舰非法“坐滩”前的相关历史文献记录。
某市检察院查明，终审判决生效后，某街道办事处接收了某奶牛合作社经评估的所有资产。该院审查认为，评估报告中构筑物及其他辅助设施价值的评估方法是重置全价乘以综合成新率，而重置全价主要是查询评估基准日相关报价资料确定的，并不包含管理费用，但终审判决计算补偿费用时，从评估价值中扣除了管理费用，明显不当。遂向某市中级法院制发再审检察建议。
